Elçibəy iqtidarının apardığı geridönməz müstəqillik siyasətindən təşvişə düşən xarici və daxili düşmənlər birləşərək Azərbaycanda hərbi qiyam təşkil etdilər və ölkədə vətəndaş müharibəsi qaçılmaz oldu. Öz xalqını labüd faciələrdən qurtarmaq istəyən prezident Əbülfəz Elzibəy 1993-cü ilin iyununda hakimiyyətdən uzaqlaşaraq doğma Kələki kəndinə getdi və burada 4 il 4 ay yaşayaraq siyasi mübarizəsini davam etdirdi. Prezidentlik səlahiyyəti bitdikdən bir qədər sonra – 1997-ci ilin 30 Oktyabrında Bakıya dönən Əbülfəz Elçibəy, yenidən Azərbaycan müxalifətinin liderinə çevrildi. Demokratik Konqresə sədr seçilən (1997) AXCP sədri Əbülfəz bəy, həmin ilin Noyabrında Bütöv Azərbaycan Birliyini də yaratdı və ona başçılığı öz üzərinə götürdü. Marqaret Tetçerin "Qafqazda ən böyük demokrat" adlandırdığı Ə.Elçibəy, həm də Türk Xalqları Assambleyasının fəxri sədri seçildi (1997).
Əbülfəz Elçibəy Kələki kəndində (1 iyul 1997-ci il) Çağdaş Azərbaycan ictimai-siyasi şüuruna yön verən və gerçək milli lider kimi qəbul edilən Əbülfəz Elçibəyin siyasi-nəzəri görüşləri "Bu mənim taleyimdir" (Bakı, 1992), "Deyirdim ki, bu quruluş dağılacaq" (Bakı, 1992), "Demokratiya və azadlıq" (İstanbul, 1992), "Bütöv Azərbaycan yolunda" (İstanbul, 1998), "Əbülfəz Elçibəy: Mən qurtuluşçuyam!" (Bakı, 2002), "Elçi düşüncələri" (Bakı, 2002) kitablarında əksini tapıb. Onun mübarizə yolunu işıqlandıran Kamil Vəli Nərimanoğlunun "Azərbaycan türklərinin azadlıq elçisi Əbülfəz Əli Elçibəy" (İstanbul, 1992), A.Səmədoğlunun "Elçibəy və Azərbaycan" (İstanbul, 1994), Fazil Qəzənfəroğlunun "Əbülfəz Elçibəy. Tarixdən gələcəyə" (İstanbul, 1995), Ədalət Tahirzadənin "Elçi Bəy" (Bakı, 1999), "Elçibəylə 13 saat üz-üzə" (Bakı, 1999; İstanbul, 2001), "Prezident Elçibəy" (Bakı, 2001), O.Məmmədovun "Elçibəy ilə birlikdə otuz il" (İstanbul, 1999) və b. kitablar oxucuların marağına səbəb oldu. Əbülfəz Elçibəy Məhəmməd Əmin Rəsulzadə yolunu yaradıcılıqla davam etdirirdi. O, böyük öndərin müsavatçılıq ideyalarını Bütöv Azərbaycan düşüncəsiylə zənginləşdirmiş, milli ideologiyamızın "Bütövləşmə, Millətləşmə, Dövlətləşmə!" ülküsünü irəli sürmüşdür. Yorulmadan demokratiya və milli bütövlüyümüz uğrunda mübarizə aparan Azərbaycanın milli lideri, dünya türklərinin böyük oğlu Əbülfəz Elçibəy 22 avqust 2000-ci ildə – 63 yaşındaykən qardaş Türkiyənin Ankara şəhərində əbədiyyətə qovuşdu. Bakıda dəfni günü yüz minlərlə insanın onun tabutunu son mənzilinədək çiyinlərində aparması onun doğma xalqının ürəyində əbədi sevgi qazandığına sübut oldu.
